中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所是由原中科院上海植物生理研究所與原中科院上海昆蟲研究所於1999整合而成。

研究所瞄準植物、微生物和昆蟲的重要生理過程及其相互作用的科學前沿，面向中國可持續農業、生態環境、生物能源及生物製造的重大戰略需求，開展原創性、系統性的基礎和應用基礎研究。

據2018年7月植物生理生態研究所官網顯示，研究所擁有1個國家重點實驗室、1個國家研究中心、2個中國科學院重點實驗室；共有在職職工470人，其中中國科學院院士9人；擁有學術學位二級學科博士點3個、學術學位二級學科碩士點5個、工程碩士領域1個。

中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所歷史

1944年5月1日，中央研究院植物研究所植物生理學研究室創建於重慶北碚。

1946年8月，植物生理學研究室遷至上海岳陽路。

1950年4月，植物生理學研究室改為中國科學院實驗生物研究所。

1953年1月，中國科學院決定植物生理學研究室獨立成所，更名為中國科學院植物生理研究所。

1968年底，中國科學院植物生理研究所本部遷至楓林路。

1970年7月，中國科學院植物生理研究所劃歸上海市，更名為上海植物生理研究所。

1977年11月，上海植物生理研究所重歸中國科學院領導，更名為中國科學院上海植物生理研究所。

1959年，上海昆蟲研究所成立，其組織基礎及學術繼承可追溯到原上海中央研究院動植物研究所和上海震旦博物館。

1962年，研究所改名為中國科學院華東昆蟲研究所。

1979年，中國科學院華東昆蟲研究所更名為中國科學院上海昆蟲研究所。

1999年，中國科學院上海植物生理研究所、中國科學院上海昆蟲研究所整合成立中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所。

2015年7月，植物生理生態研究所獲批獨立成為中國科學院分子植物科學卓越創新中心。